通过轮廓贝叶斯流引导蛋白质家族设计

蛋白质家族设计结合了从头蛋白质设计和基于突变的蛋白质设计的优势，成为一种很有前景的替代方案。本文提出了ProfileBFN（轮廓贝叶斯流网络），用于专门生成蛋白质家族的建模。ProfileBFN从MSA轮廓的角度扩展了离散贝叶斯流网络，可以通过将单个蛋白质序列视为退化轮廓进行训练，从而避免了大规模MSA数据的构建和训练，实现了高效的蛋白质家族设计。实证结果表明，ProfileBFN对蛋白质有着深刻的理解。在生成多样化、新颖的家族蛋白质时，它能够准确地捕捉家族的结构特征。与以前的方法相比，通过该方法产生的酶更有可能具有相应的功能，从而更有可能生成具有所需功能的多样化蛋白质。